Un industrial japonés, bajo la influencia de la moda estadounidense, decidió comenzar a construir refugios atómicos individuales, pero no pudieron establecer la producción en masa, y el único refugio construido fue abandonado. Cinco años después, la empresa constructora, utilizando el búnker como base, erigió un edificio de tres pisos, cuya parte trasera estaba adyacente a la pendiente. En esta casa se instaló un hombre que abandonó voluntariamente la sociedad. En el pasado reciente, fue secretario personal de un político famoso, se casó con su hija y anunció refugios atómicos en una empresa de construcción que controlaba su suegro.
Pero un buen día, le quitó a su esposa un hijo de cinco años, a quien los médicos consideraban retrasado mental, y comenzó a vivir con el niño como un solitario en un refugio. Él mismo se nombró el abogado de los que más amaba en este mundo: los árboles y las ballenas. Cambió su nombre para enfatizar su nueva esencia, y comenzó a llamarse a sí mismo Ooki ("árbol poderoso") Isana ("pez valiente"). Se dedica a mirar fotos de ballenas, observando a través de binoculares los árboles que crecen afuera. Para estar más cerca de la naturaleza, hizo un agujero en el piso del búnker 30 × 30 centímetros y se sumerge en el pensamiento, poniendo sus pies descalzos en la tierra real. Isana grabó las voces de varias aves, y su hijo Dzin aprendió a reconocerlas con precisión: resultó que el niño tenía una audición inusualmente aguda.
Una vez que ocurre un incidente en una tierra baja pantanosa que es visible desde las ventanas de un refugio. Una joven seduce a un agente de policía, y sus amigos lo atacan y le quitan el arma. Para salvarse, el agente selecciona al más débil de los atacantes y, después de haberlo inventado, le pone una esposas en la mano, mientras hace clic en la segunda esposas en su mano. Los adolescentes golpean al agente, y el niño intenta cortarle la mano para escapar. Un agente de la policía desabrocha las esposas y huye, y los adolescentes gritan tras él durante mucho tiempo.
Al ver que los árboles estaban cubiertos de follaje joven y se sentían completamente seguros, Isana, espiritualmente conectada con ellos, también se siente protegida y abandona el refugio. Él, como las plantas, se despierta de la hibernación y busca una salida para la energía que se ha acumulado en él. Junto con Jin, se sube al autobús y va al parque, pero llegan demasiado tarde: el parque ya está cerrado y las atracciones no funcionan. Sin embargo, el vigilante los extraña, y en un parque desierto se encuentran con un grupo de adolescentes agresivos, uno de los cuales tiene una mano vendada. Isana siente un miedo inexplicable y tiene prisa por regresar al refugio. Al ir a la tienda y dejar a Jin solo en casa, Isana también experimenta miedo. Él tiene pesadillas en la noche. Tiene la sensación de que su refugio está siendo vigilado todo el tiempo. Una vez que descubre un dibujo en la pared de una casa, un círculo y una cruz. Isana pinta al lado de este patrón de ojos. Conoce a una chica cerca de su casa, que le ofrece dormir en el camerino de la famosa actriz en un estudio de cine abandonado, un poco más alejado de las tierras bajas pantanosas. Isana no responde nada y se va, y por la noche escucha el pisoteo de los adolescentes en el techo y se preocupa por Jin, cuyo frágil equilibrio mental se altera tan fácilmente.
Al día siguiente, Isana mira a través de los binoculares las ruinas de un estudio de cine y ve a una chica desnuda en la ventana del pabellón. De repente se da cuenta de un grupo de adolescentes que lo acusan de espiarlos. Preguntan por qué Isana y Jin viven aquí sin hablar con nadie. Isana les explica que es abogado de árboles y ballenas. Después de haber amenazado con represalias, los adolescentes obligaron a Isan a dejar a Boy en su casa, un adolescente cuya herida comenzó a supurarse, e Inago, la misma niña que le sugirió a Isan que se acostara con ella. Isana va a la farmacia a buscar medicamentos para el paciente, mientras que Inago cuida a Jin. Para sorpresa de Isan, la niña trata al bebé con cuidado y atención.
Uno de los adolescentes, Takaki, le cuenta a Isana sobre el árbol de la ballena. Cuando era niño, Takaki se enteró de él, soñó con él, pero nunca lo vio. El nombre "Whale Tree" le da a Isan una sensación cálida, también le comienza a parecer que existe tal árbol. Al regresar de la farmacia, Isana se cae de la bicicleta. Los adolescentes se ríen, sin pensar en absoluto que puede lastimarse. Isana se maravilla de su crueldad. Takaki llega por Isana en un auto robado y continúa la historia del árbol de ballenas. Unos días después, Takaki le muestra a Isana un grupo de adolescentes: se instalaron en un estudio de cine abandonado. Desmontaron la goleta, que se suponía que uno de ellos debía proteger, la arrastró en partes a uno de los pabellones, y allí la recogieron y comenzaron a estudiar el negocio marítimo, para luego poder zarpar. Los adolescentes están unidos en la Unión de Marineros Libres y viven aquí, equipando los cubículos en el sótano.
Al ver que Takaki trajo a Isan, el Niño, que casi se había recuperado y regresó a la goleta, quiere dispararle a "este loco": nadie más debería saber acerca de su caché. Isana no teme a la muerte: Inago se preocupa tan bien por el niño que puede prescindir de un padre. Pero Isana debe cumplir su misión: decirles a los recién llegados de otros mundos que no fue el hombre quien reinó en la tierra, sino las ballenas y los árboles. La pelea teme que Isana los reporte a la policía, pero todos los demás adolescentes están imbuidos de confianza en Isan y le ofrecen unirse a ellos.
Un hombre apodado Korotky, que ya tiene cuarenta años, por lo que es aún mayor que Isan, dice que a los treinta y cinco años de repente comenzó a encogerse y todavía se está encogiendo. De hecho, sus extremidades parecen demasiado largas en comparación con un cuerpo excesivamente corto. Fue enviado a un hospital psiquiátrico, pero escapó de allí. No tiene lugar en el mundo de la gente común, y se siente normal en una sociedad de adolescentes. Al escuchar el razonamiento de Isan sobre los árboles y las ballenas, los adolescentes llegan a la conclusión de que él tiene lo que les falta: la capacidad de expresar sus pensamientos con palabras. Ellos creen que su excelente dominio de la palabra puede ser útil para ellos.
Isana confiesa a sus adolescentes sus pecados: cuando era secretario de su suegro, le traía muchachos, complaciendo sus perversiones. Una vez que mataron accidentalmente a un niño, y desde entonces, Isana no ha conocido la paz. Como "especialista en palabras", Isan comienza a estudiar inglés con adolescentes, eligiendo "Moby Dick" y Dostoievski en una traducción al inglés. Al principio, teme que las conversaciones del anciano Zosima parezcan demasiado morales para los adolescentes, pero escuchan con gran interés, y la palabra "oración" literalmente los captura. Para sorpresa de Isan, los adolescentes se encariñaron mucho con Jin y disfrutaron escuchando música seria. Isana vive anticipando el fin del mundo, y los adolescentes esperan el Gran Terremoto, tienen mucho en común.
Los adolescentes se sienten atraídos por la Unión de Marineros Libres por un soldado de las autodefensas, amado Inago. Quieren que les enseñe a manejar armas. Isana le pide a su esposa Naobi que encuentre un lugar en la costa donde él y sus amigos puedan vivir de dos a tres semanas. Naobi encuentra ese lugar para ellos en Izu, pero allí Korotky comete una traición: fotografía los ejercicios militares de la Unión de Marineros Libres y vende fotografías al semanario. Quiere obligar a los adolescentes a matarlo, creyendo que el crimen los unirá y convertirá a la Unión de Marineros Libres en una organización militar. Los adolescentes organizan un juicio contra Korotky, durante el cual uno de ellos, Tamakichi, lesiona accidentalmente a Korotky. Al darse cuenta de que la herida Corta es fatal, los adolescentes deciden ejecutarlo. Cada uno de ellos le arroja una piedra. Isana y el soldado se mantienen aparte. Un soldado, agarrando una ametralladora cargada y arrojando a Inago, se sienta en una motocicleta y huye, los adolescentes se pusieron en marcha. Uno de ellos, Tamakichi, arroja una granada a una goleta de pesca. La goleta se enciende y las sospechas recaen en el soldado. Un soldado se suicida. Inago se convierte en la amante de Isan, Isan, Dzini, Inago regresa a Tokio, en refugio. Allí se encuentran con adolescentes: están destruyendo un estudio de cine, no tenían a dónde ir, y después de romper una ventana subieron al refugio de Isan.
En el pabellón del estudio de cine solo hubo una batalla: nunca aceptó abandonar la goleta. Para que ella no caiga en las manos equivocadas, él lo explota. Trabajadores destruyendo un estudio de cine vencieron a Boy. Tamakichi lleva al compañero moribundo a una clínica en la Universidad de Tokio y lo deja en la sala de juegos. Los adolescentes reflexionan sobre qué hacer a continuación. Isana le pide a Naobi que ayude a conseguir el dinero para que el barco navegue con los adolescentes. Naobi se nominó a sí misma para las elecciones, e Isana espera que sea más rentable para ella que su esposo e hijo naden en el mar, protegiendo a las ballenas, en lugar de sentarse en un refugio atómico. Naobi promete ofrecer a la empresa constructora la compra de refugio y tierra de Isan; los ingresos serán suficientes para la empresa planificada. Por si acaso, los adolescentes hacen suministros de alimentos: si van a ser asediados, los necesitarán en un refugio, pero si se espera que naveguen, los llevarán con ellos. Para no poner en peligro al niño, los adolescentes ofrecen a Isan y Jin que abandonen el refugio, pero Isana quiere informar a su esposa que ellos y Jin son tomados como rehenes, entonces seguramente pondrá un barco a su disposición. Los coches de policía son visibles desde la ventana del refugio. Un escuadrón motorizado rodeó el edificio. Los adolescentes disparan, la policía disparó gases lacrimógenos. Instan a los asediados a rendirse.
Los adolescentes esperan la llegada de la esposa de Isan. Naobi llega, pero afirma que incluso en nombre de la vida de su hijo, ella no entablará un trato con delincuentes. Los adolescentes pelean valientemente, pero el poder no está de su lado y mueren uno tras otro. Queda claro que ya no necesitan el barco: todavía no podían navegar porque el navegante y el operador de radio fueron asesinados. Tamakichi tiene la intención de luchar hasta el final, pero no quiere que la Unión de Marineros Libres desaparezca sin dejar rastro. Invita a Takaki a irse y revivirlo. Isana renuncia como especialista según la Unión de Marineros Libres, ahora está totalmente comprometido con los deberes de un abogado de ballenas y árboles. Takaki admite que su historia sobre Whale Tree es una ficción, pero Isana objeta que, tan pronto como no pueda ir a la casa de Takaki y estar convencido de esto, nada le impide creer que existe el Whale tree. Takaki con una bandera blanca abandona el refugio, seguido de Inago con Jin en sus brazos y un médico (un ex alumno de un instituto médico). Mientras van al auto, la policía los golpeó.
Cuando el auto se lleva a los que se rindieron, un camión de bomberos con una grúa conduce al refugio y comienza a arruinar el edificio. Solo Isana y Tamakiti permanecieron en el refugio. Isana baja al búnker. Poniendo los pies en el suelo, escucha la película con gritos de ballenas. El agua brota del suelo como una fuente: emitida por un camión de bomberos, se filtró debajo de los cimientos y se obstruyó en el lugar donde había un agujero en el piso. La tapa de alcantarilla se eleva, se escuchan disparos. Isana dispara de vuelta. El agua sube más y más alto. Dirigiéndose a las almas de los árboles y las ballenas, Isana les envía el último perdón y muere.
